En el Catalogo de campos has de añadir:

d_fieldcat_ln-emphasize = 'Cxyz'.

Donde C indica = 'color '.
x indica = el numero de color debe ser del 1 al 9.
y indica = el grado de intenso que es el color: -->'0'=off --> '1'=on.
z indica = inverso    -->'0'=off    -->'1'=on.

Ejemplo: " Un color gris claro "
d_fieldcat_ln-emphasize = 'C201'.

* Nos creamos una columna nueva con el nombre "COLOR"

DATA: BEGIN OF gt_alv OCCURS 0,
  color(4) TYPE c,
  matnr LIKE mara-matnr,
  ...
  ...
END OF gt_alv.

* Realizas un loop a la tabla interna y vas poniendo colores según necesites. (Por ejemplo)

LOOP AT gt_alv WHERE agr_name IN s_agr.

  IF gt_alv-matnr = 'J'.
    gt_alv-color = 'C610'.
  ELSE.
    gt_alv-color = 'C510'.
  ENDIF.

  MODIFY gt_alv.
ENDLOOP.

* En el layout pones...
gt_layout-info_fieldname = 'COLOR'.